Manajemen organisasi Program Studi Agribisnis Digital Unesa disusun untuk mendukung kelancaran penyelenggaraan pendidikan tinggi yang efektif, efisien, dan berorientasi pada mutu. Struktur organisasi program studi dipimpin oleh Koordinator Program Studi yang bertanggung jawab dalam perencanaan, pelaksanaan, pengawasan, dan evaluasi seluruh kegiatan akademik maupun non-akademik. Koordinator dibantu oleh tim dosen tetap dan tenaga kependidikan yang memiliki kompetensi di bidangnya, serta didukung oleh unit-unit fungsional seperti pengembangan kurikulum, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat, kemahasiswaan, dan penjaminan mutu. Setiap unsur dalam organisasi memiliki peran yang saling terintegrasi guna menciptakan lingkungan akademik yang kondusif, inovatif, dan adaptif terhadap perubahan. Melalui sistem manajemen yang partisipatif dan berbasis data, Program Studi Agribisnis Digital berupaya mewujudkan tata kelola yang transparan dan akuntabel demi mencapai visi dan misi program studi secara berkelanjutan.